F. E.A. R. — это специальное подразделение армии США по борьбе с паранормальными угрозами. Главный герой игры — один из новобранцев этого подразделения, который попал прямо в пекло войны с армией клонов и неизвестным противником, способным уничтожить отряд спецназа в считанные секунды.
В F. E.A. R. есть несколько отсылок к другим проектам студии Monolith. Например, по радио можно услышать тему Shogo: Mobile Armor Division, а в одном из последних уровней есть табличка с надписью Condemned, что является отсылкой к игре Condemned: Criminal Origins.
В игре есть некий А. Шепард, координатор группы Дельта, которого несколько раз можно услышать по радио. Это отсылка к Half-Life: Opposing Force, где главного героя зовут Адриан Шепард.
На обложке журнала, который можно найти на некоторых уровнях, написано «Event Horizon Found!». Это отсылка к фильму «Сквозь горизонт».
На одном из последних уровней есть намек на продолжение игры в виде постера с надписью «Project Origin».
На стенах в игре иногда можно встретить таблицы «Time Sheet Log», это список разработчиков F. E.A. R..
В игре часто встречается название Pendleton. Это отсылка к Брэду Пендлетону, ведущему программисту игры.
На мусорных баках можно увидеть имена главного дизайнера уровней и технологического директора — Джона Малки и Кевина Стивенса.
На терминалах, открывающих двери, красуется эмблема «O-Rorke Computer Systems». Джон О’Рорке разработал движок Lithtech: Jupiter EX, на котором работает F. E.A. R..
Именем Джареда Герритцена, дизайнера уровней, названа фирма «Gerritzen Electrics».
На почтовых конвертах, которые лежат на некоторых столах в игре, указан адрес компании Monolith — «Monolith Productions 10516 NE 37th Circle Kirkland, WA 98033».